4、修行差別：‘云何修行故，三寶差別？謂于佛寶，應修供養承事正行。于法寶所，應修瑜伽方便正行。于僧寶所，應修共受財法正行。’承事如前已解，供養當在下文供養中說。瑜伽是相應義，包括一切乘的境行果等所有諸法，一切并有方便善巧相應義故。如《瑜伽師地論》中廣說。又如《瑜伽論》八十三卷說：‘言瑜伽者，受持、讀誦、問論、決擇、正修加行。’總略地說，有其四種：如《瑜伽》二十八卷：‘云何瑜伽？謂四瑜伽。何等為四：一信、二欲、三精進、四方便。’所說瑜伽方便，即增進成就瑜伽的正確方法，即住清凈尸羅等。如《瑜伽論》二十八卷說：‘謂尸羅律儀增上力故，善守其念，善守念故，能無放逸，防護其心修諸善法，無放逸故，心正于內修奢摩他，增上慧法毗缽舍那。’這就是說，于法寶所，應修如是正行。共受財法，即同梵行者，同受利養，名共受財。同趣尸羅，同趣正見，名共受法。如其次第能治于利養起爭，對治違越學處，對治于法義顛倒執著。如《瑜伽師地論》十四卷所說應知，這是對于僧寶應修的正行。
5、由隨念差別：‘云何隨念故，三寶差別？應以余相，隨念佛寶；應以余相，隨念法寶；應以余相，隨念僧寶。’皈依者于一切時處，應各起別行，念三寶功德。佛功德不同于法僧，故念佛功德相，是法僧之余相。法功德不同于佛功德和僧功德，故念法功德是佛僧功德之余相。僧功德不同于佛功德和法功德，故念僧功德是佛法功德之余相。為顯三寶功德差別，故從輾轉相望說余相。念佛世尊是正等覺者，具足十號，有大慈大悲，是一切智者，神通無量，于諸眾生，能拔苦與樂等，我欲成佛，愿與佛同，是于佛寶起隨念行。念法是如來親證真理，為利樂有情，施設三藏十二分教，有大功德，是清凈所緣，為諸眾生離苦得樂的無上妙藥，能滅煩惱，引證菩提，我欲親證，施諸眾生，是于法寶起隨念行。念僧為佛弟子，奉行如來教法，住持圣教，是清凈行者，得無漏法，具戒定慧，能為世間無上福田，我欲同住，修習僧行，是于僧寶起隨念行。
6、由生福差別：‘云何生福故，三寶差別？謂于佛寶，依一有情，生最勝福。于法寶所，即依此法，生最勝福。于僧寶所，依多有情，生最勝福。’這是說于佛寶供養承事，恭敬體拜等，是依一有情生最勝福。因為在一佛世界中，沒有二如來同時出現，約此意義，故說依一有情生最勝福。于法寶恭敬、供養、書寫、受持、流通等，即依此法生最勝福，簡別非于外道法供養等能生福德，故說法寶名為此法。和合共住，是名為僧，故于僧寶恭敬、供養、親近、體拜等，說依多有情生最勝福。
皈依三寶的人，若能從上述六種相中了知佛法僧三寶的差別，則于三寶功德，能夠得決定的和不共的認識，也就能夠對于三寶生起不可動搖的堅定信心，故從六種因相來認識三寶的差別，是學佛的人最應該尊重學習的。
（三）由自誓愿，發心皈依三寶，必須是自覺自愿，由自己內在因力發正愿心，為證菩提，誓志愿受皈依。自誓依佛為師，依法為師，依僧為師。以這樣自發的誓愿而皈依三寶，是為清凈的正行皈依。
（四）更不說有余大師，由四因緣，是大師性，是可皈依處，已如前說。由五因緣，諸天外道，非可皈依，亦已如前說，即已了知如來與天神外道，及其教法，與弟子所有勝劣差別，唯于三寶自誓皈依，不說有余大師與教法及彼弟子為可皈依處。故皈依佛以后，以佛為師，更不皈依天魔外道。皈依法以后，以法為師，更不皈依魔外典籍。皈依僧以后，以僧為師，更不皈依魔外眷屬。如《優婆塞戒經》卷第三受戒品說：‘若皈佛已，寧舍身命，終不依于自在天等。若皈法已，寧舍身命，終不依于外道典籍。若皈僧已，寧舍身命，終不依于外道邪眾。